La SONEDE est placée sous la tutelle du Ministère de l'Agriculture. Son conseil d'administration est présidé par le Président Directeur Général.

Les membres du conseil sont au nombre de 11 appartenant à divers secteurs économiques et sociaux et un contrôleur d'Etat.

La SONEDE a également réalisé deux stations de dessalement à Djerba et à Zarzis, d'un coût total de 45 millions de dinars pour une capacité de 12000 m³ par jour chacune. Ce projet a permis de ramener le taux de salinité de l'eau distribuée de 2,7 g/l à moins de 1,5 g/l.

Les techniciens de la Société ont acquis une riche expérience en matière de recherches, d'études et de maîtrise de la technologie de dessalement de l'eau par la méthode d’osmose inverse.

Sur un autre plan, la priorité accordée au renforcement de l’infrastructure par la construction de réservoirs de stockage et de distribution, par l’augmentation de la capacité de traitement des eaux et les différentes extensions des réseaux d’adduction et de distribution a permis une nette augmentation de la production de l'eau qui est passée de 627,5 millions de mètres cubes en 2014 à 646,5 millions de mètres cubes en 2015.