Ces locaux comprenaient un bâtiment principal situé à l'angle des rues souk-Ahras et de Rome (une école italienne auparavant), une annexe (ancien bâtiment de Radio-Tunis) située à la Place de l'Ecole Israélite (actuellement Place Ali Zouaoui) et une autre située au 1 avenue de France (ancien mess de l'armée française).

Ces locaux se trouvaient en plein centre-ville de Tunis, à proximité de la gare SNCFT de Tunis, du terminus de la ligne T.G.M., des stations d'autobus et du tramway, du Marché Central, de l'entrée de la Médina (par la Porte de France) et des centres culturels de Tunis (Théâtre Municipal, Maison de la Culture , salles de cinémas, Bibliothèque Nationale de Souk-El Attarine,…).

C'est par le décret n°98 du 31 mars 1960 qu'a été fondée la Faculté des Sciences de Tunis (FST), le premier noyau de l'enseignement supérieur scientifique de la Tunisie indépendante.

En 1968, la FST a commencé un transfert progressif, qui a duré jusqu'en 1972, vers ses locaux actuels, sis au campus universitaire du Belvédère (actuellement d'El Manar). Ses anciens locaux ont été cédés aux journaux « El Amal et L'Action », organes du Parti Socialiste Destourien, au C.N.U.D.E.S.T, au Centre de Documentation, etc.…

Dès sa création, la FST s'est vue attribuer la mission de former ses étudiants en vue de l'obtention des licences dans les différentes disciplines scientifique (Mathématiques, Physique, Chimie et Sciences Naturelles). Afin de s'inscrire dans les certificats d'Etudes Supérieures de licence (il en faut obtenir six par licence), les nouveaux étudiants titulaires du Baccalauréat (séries mathématiques ou sciences expérimentales) devaient réussir dans une première année préparatoire (ou propédeutique, MGP pour les licences de Mathématiques, MPC pour celles de Physique ou de chimie et SPCN pour celles des Sciences Naturelles alors que les étudiants désirant poursuivre des études médicales devaient réussir au préalable, à l'année préparatoire PCB. Ces dénominations françaises étaient équivalentes aux examens français correspondants. Elles ont été modifiées lors de la tunisification des diplômes respectivement en MPC, PMC, SVT et APEM .

Ce schéma de propédeutique et de licence a été réformé aux débuts des années soixante dix en un autre instituant un DEUS de deux années (dites du premier cycle) : MP1-MP2, PC1-PC2 et SN1-SN2 suivi d'un enseignement de deux années de maîtrise (dites du second cycle) : M3-M4, P3-P4, MA3-MA4, CH3-CH4, CP3-CP4, STG3-STG4, SN3-SN4 et INFO3-INFO4 , respectivement pour les Mathématiques, la Physique Fondamentale , la Mécanique Appliquée , la Chimie Fondamentale , la Chimie Physique , les Sciences et Techniques de la Géologie , les Sciences Naturelles (Biologie et Physiologie) et l'Informatique.

Une filière d'enseignement d'ingéniorat a vu le jour à la FST , d'abord en Informatique puis en Chimie et en Géologie. Enfin, dès les débuts des années 2000, il a été crée à la FST , un cycle préparatoire aux Etudes d'Ingénieurs de deux années en mathématiques et physique (MP1 et MP2), en physique et chimie (PC1 et PC2) et en biologie et géologie (BG1 et BG2), à la fin desquelles les étudiants se présentent au concours nationaux d'entrée au Ecoles d'Ingénieurs.

Même si les Licences et les Maîtrises délivrées par la FST prédestinaient leurs titulaires à des carrières dans l'enseignement secondaire, bon nombre de ceux-ci utilisaient ces diplômes pour accéder à des études d'ingéniorat.

Avant 1968 et en raison d'un grand manque de professeurs du secondaire, les étudiants tunisiens qui quittaient l'université, titulaires ou non d'une Licence, étaient obligés d'enseigner dans les collèges et les lycées.

Ce n'est qu'en juillet 1968 que les portes furent ouvertes aux lauréats de la Licence puis de la Maîtrise , pour se spécialiser en Troisième cycle, surtout dans les domaines scientifiques. C'est également à cette période que fût créée la Direction de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique au sein du Ministère (ou Secrétariat d'Etat, à l'époque) de l'Education Nationale.

Les enseignements de la FST , sur le site actuel d'El Manar, ont commencé d'abord à l'ENIT, avant d'occuper les locaux propres de la Faculté.

Le Département de Mathématiques et le Bâtiment Central (de l'Administration de la Faculté ) ont été les premiers à être achevés. Ils ont été suivis par les Départements de Physique, de Chimie et des Sciences Naturelles. (Biologie et Géologie). Dans la première tranche, ces bâtiments étaient conçus pour accueillir 1800 étudiants ; ce nombre étant très vite dépassé, plusieurs nouveaux bâtiments ont été progressivement construits dans le cadre de la seconde tranche.

La plupart des Licences en sciences fondamentales étaient disponibles dès les années soixante et les enseignements étaient organisés en Certificats annuels dans lesquels les étudiants ne passaient leurs examens qu'en fin d'année lors de deux sessions, celles de juin et de septembre.

Quant à la recherche scientifique, elle fut rudimentaire et fortement dépendante de la coopération avec l'étranger. A l'exception de la Biologie , elle n'a réellement commencé qu'après le transfert de la FST au campus, avec l'acquisition d'équipements de recherche lourds. Peu à peu, on est arrivé à réaliser l'autosuffisance dans certains domaines de la recherche.

Dans le volet équipement, on peut citer l'accord de prêt conclu avec les Etats-Unis d'une valeur de 500 000 dollars pour acquérir du matériel de recherche et de travaux pratiques. D'autres efforts considérables ont été accomplis pour l'acquisition d'équipements, financés par les moyens propres de la FST ou dans le cadre de la coopération. C'est ainsi, par exemple, que le premier microscope électronique installé à la faculté a été un don de l'Allemagne puis on en a acquis un second avec des crédits du titre II.

Depuis sa création, la FST n'a cessé d'évoluer sur tous les niveaux. En absence de changement majeur, sa mission n'a cessé d'être élargie et diversifiée, c'est ainsi qu'en 1978 que s'est crée, en son sein, le premier Département de formation d'Ingénieurs en Afrique du Nord. Le troisième cycle le plus ancien date des années soixante et a été réservé aux sciences de la mer. Il a été suivi d'un second portant sur la physique des solides.

En moins d'un demi-siècle d'existence, la FST a pu contribuer au développement de la Tunisie et elle le fait encore. Il faut souligner également que plusieurs générations d'ingénieurs et d'enseignants du secondaire et du supérieur de tout le pays lui doivent une formation en totalité ou en partie.

Au début de l'année universitaire 2007/2008, la FST compte six Département et 11750 étudiants (tous cycles confondus). Son personnel avoisine les 840 (tous corps confondus) et son budget s'élève à 2 500 000 dinars.