L’ISA-CM est organisé en départements de formation et de recherche, dont les thèmes pédagogiques spécifiques assurent aux étudiants une formation complète et variée, et en services administratifs, dont le rôle garantit le fonctionnement régulier des différentes fonctions de l’établissement.

L'ISA-CM est organisé en 4 départements de formation et de recherche :

 Sciences Horticoles et Paysage,
 Sciences Biologiques et Protection des Végétaux,
 Génie des Systèmes Horticoles et des milieux naturels,
 ressources animal, agroalimentaire et développement rural,

Ces 4 départements ont une mission première de nature pédagogique. Ils sont, collectivement, des éléments moteurs de l’élaboration de parcours de formation largement pluridisciplinaires et intégrés, propres aux cursus d’ingénieurs. Ils sont aussi partie prenante de nombreuses formations de master délivrées dans les domaines d’expertise.

Plus généralement, les départements ont pour but de conduire des missions de formation initiale, de formation continue, de recherche et de développement (transfert) dans un champ scientifique spécifique et en interaction avec les autres départements.

Les formations dispensées et la progression des cursus ont davantage intégré les enjeux du développement durable, tant au niveau des enseignements que des stages d’application. Les futurs ingénieurs développent ainsi, dans leur connaissance et pratique du vivant et de l’environnement, une démarche innovante dans laquelle la durabilité joue un rôle central, en phase avec l’exercice de leurs responsabilités à venir.