Au début de l’année universitaire 2002-2003 l’offre de formation à l’ISBS était structurée en 3 ans dont 6 mois de stage en entreprise. Elle couvre les domaines de biologie appliquée à la santé et à l'environnement et le génie biomédical. 
Pendant l’année universitaire 2005-2006 une nouvelle filière a été introduite : La Biotechnologie Appliquée en ressources naturelles (BARN).

L’ISBS compte deux départements :
1-Le département de biotechnologie et santé (crée en 2005) 
2- Le département biomédical (crée en 2006) 

La direction d’études et des Stages a tété crée en 2008.
L’ISBS été parmi les premières institutions affiliées au nouveau régime d’enseignement supérieur L.M.D (Licence Master Doctorat) depuis l’année universitaire 2006-2007.

En Juillet 2006, les Commissions Sectorielles des Sciences Biologiques et Biomédicales habilitent l’ISBS pour les licences suivantes:
 Licence appliqué en biotechnologie (LAB) 
Trois parcours existent à l’ISBS: Biotechnologie Médicale (BM), Contrôle et Exploitation des Microorganismes (CEMO) et Contrôle Qualité des Produits Agroalimentaires (CQPA) .
 Licence appliquée en génie biomédicale (LGBM)
Deux parcours existent à l’ISBS: Imagerie Médicale (IM) et Instrumentation Biomédicale (IBM)

En 2007 l’ISBS est habilité le Master Recherche Biotechnologie Environnementale en partenariat avec le Centre de Biotechnologie de Sfax (CBS) et l’Agence Universitaire de la Francophonie (AUF). La première promotion compte une vingtaine d'étudiants sélectionnés de l’ENIS, l’INAT, l’INSAT et la Faculté des Sciences de Sfax.

En 2008 la Commissions Sectorielle des Sciences Biologiques habilite l’ISBS pour la Licence Appliquée de Protection de l’Environnement (LAPE).

Un seul parcours à l’ISBS : Traitement et Valorisation des Déchets (TVD).

A la rentrée 2009, l'ISBS accueille sa première promotion en master professionnel régime (LMD), deux masters sont habilitées à l’ISBS : le Master Professionnel en Technologie Alimentaire (MPTA) et le Master Professionnel en Sciences et Technologie de l’Environnement (MPTE). Deux autres masters professionnels se sont ajoutés à l’offre de formation en 2010 le Master Professionnel en Maintenance Biomédicale et en 2013 le Master Professionnel en Biotechnologie Médicale.

L'année 2013 a vu l'ISBS démarrer la quatrième tranche de construction qui abriterait le département socioculturelle et le département recherche développement.

Chiffres clés (Mai 2013)

L’ISBS : 966 étudiants (répartis en 780 Licences et 186 en Mastère)
Personnel :

 4 Professeurs
 16 Maîtres de Conférences
 48 Maître Assistants
 7 Assistants
 11 Professeurs de l’Enseignement Secondaire (détaché)
 13 Technicien
 14 Staff Administratifs

Offre de formation

L'objectif principal de l'ISBS est de former en 3 ans des « biotechnologues» compétents dans les différents domaines de la biotechnologie moderne et l’ingénierie biomédicale capables de s’adapter et de s'intégrer rapidement aux secteurs du développement, de la production et de la recherche. 

Il offre une formation de technicien en biotechnologie, en génie biomédicale et en protection de l’environnement. Il organise, en partenariat, un enseignement interdisciplinaire: la biologie moléculaire, la biologie cellulaire, le génie des bioprocédés, les sciences de l'ingénieur, l’imagerie médicale, l’instrumentation et la maintenance biomédicale, la santé et l'environnement. Le diplôme de licence délivré après trois années d'études est un diplôme national.

La formation en Master à l’ISBS a pour objectif de former des technico-commerciaux pour les industries alimentaires, biomédicales, de la biologie, de la chimie et de l’environnement. La formation dispensée en alternance permet d'acquérir et de développer de solides bases en technologie alimentaire, biotechnologies, promotion au moyen du produit vendu. Les enseignants-chercheurs de l'ISBS, selon leur propre spécialité et dans le cadre de leurs charges statutaires, participent à diverses formations en masters.